本篇目录：
- 1、已知RNA的二级结构,用哪个软件可以测得它的自由能
- 2、如何读懂rnafold的参数设置
- 3、预测RNA二级结构的MFOLD软件谁有啊,请发我一份吧,723457215@qq.com...
- 4、IGV-基因组浏览器-改造记录(四)
- 5、求助预测RNA二级结构的软件,适合win7
已知RNA的二级结构,用哪个软件可以测得它的自由能
1、推荐Vienna RNA，速度较mfold快 。
2、需要的话，选择Draw structure，在绘图模块中看预测的二级结构结果。输出的二级结构以最小自由能顺序排列。
3、例如tRNA可以形成三叶草的二级结构，而三级结构就是倒L形状的。有些软件可以计算的，如RNA structure等软件。楼上的不懂不要乱说，RNAi是小分子双链RNA，并不是什么二级结构。
4、这个页面不是预测二级结构的，而是预测miRNA在mRNA上的靶点的。http：//sfold.wadsworth.org/cgi-bin/srna.pl 这个才是预测2级结构的。
5、用有关软件（比如RNAstructure）可以预测估计mRNA的稳定二级结构，有助于选择模板。实验表明，待扩区域自由能（△G°）小于56l kJ/mol时，扩增往往不能成功。
6、（理论基础） 可以是从零开始的，尝试计算并最小化自由能，或得出一个合适的近似最小值的方法 也可以是基于一些已有知识的，尝试使用已知结构数据库中的信息来预测蛋白质结构。
如何读懂rnafold的参数设置
功能预测：通过对反义RNA序列进行结构和功能预测，识别它的潜在生物学功能。这可以通过在线工具或软件来完成，例如RNAfold或mfold等预测RNA的二级结构，或使用RNAcode或phyloP等工具来分析它是否具有编码蛋白质的潜力。
-l INT 设置输出文件压缩等级。0-9，0是不压缩，9是压缩等级最高。不设置此参数时，使用默认压缩等级； -m INT 设置每个线程运行时的内存大小，可以使用K，M和G表示内存大小。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。
不同生理环境、不同RNA丰度，参数都不一样。未来如果有了非常大的数据库，通过machine learning也许能解决。
RNAstructure可以，把自由能差别那项调大一点就可以了。RNAstructure网上有免费下的。
推荐Vienna RNA，速度较mfold快 。
预测RNA二级结构的MFOLD软件谁有啊,请发我一份吧,723457215@qq.com...
Vienna RNA功能和mfold软件相当，可以下载 推荐Vienna RNA，速度较mfold快 。
需要的话，选择Draw structure，在绘图模块中看预测的二级结构结果。输出的二级结构以最小自由能顺序排列。
IGV-基因组浏览器-改造记录(四)
前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是 作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程 。
IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器，经常被用来做比对结果的可视化。
我们建议使用 Integrative Genome Viewer (IGV) 来浏览/查看基因组序列数据。IGV 是用于查看基因组数据(包括比对)的桌面应用程序。该工具能够使用通过文件或 URL 提供的参考基因组，或者它在服务器上的众多参考基因组。
求助预测RNA二级结构的软件,适合win7
1、需要的话，选择Draw structure，在绘图模块中看预测的二级结构结果。输出的二级结构以最小自由能顺序排列。
2、RNAstructure可以，把自由能差别那项调大一点就可以了。RNAstructure网上有免费下的。
3、推荐Vienna RNA，速度较mfold快 。
到此，以上就是小编对于批量rna测序的问题就介绍到这了，希望介绍的几点解答对大家有用，有任何问题和不懂的，欢迎各位老师在评论区讨论，给我留言。
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